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全額事業(yè)單位和差額事業(yè)單位的區(qū)別主要體現(xiàn)在含義、穩(wěn)定性以及包括范圍三個方面。
含義不同：全額撥款事業(yè)單位也稱為全供事業(yè)單位，是其所需的事業(yè)經(jīng)費全部由國家預(yù)算撥款的一種管理形式；差額撥款事業(yè)單位，按差額比例，財政承擔(dān)部分，由財政列入預(yù)算；單位承擔(dān)部分，由單位在稅前列支，如醫(yī)院等。
穩(wěn)定性不同：對于全額事業(yè)單位而言，是相對穩(wěn)定，是基于跟著國家進行調(diào)控，存在著一定的穩(wěn)定性；而差額事業(yè)單位存在的變動可能性非常大，存在很大不確定的因素，因此也影響著工作的穩(wěn)定性。
涉及范圍不同：差額事業(yè)單位包括醫(yī)院等有收入的又承擔(dān)政府社會職能的單位；自收自支管理的事業(yè)單位，主要是一些原來國有企業(yè)的行業(yè)主管局。
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