二者的編制層級(jí)不同，鄉(xiāng)鎮(zhèn)事業(yè)單位不能使用縣區(qū)事業(yè)編制，縣區(qū)事業(yè)單位也不能使用鄉(xiāng)鎮(zhèn)事業(yè)編制，之間存在層級(jí)差異，不能調(diào)劑使用；在待遇方面鄉(xiāng)鎮(zhèn)事業(yè)單位相比縣級(jí)事業(yè)單位多了鄉(xiāng)鎮(zhèn)津貼；工作強(qiáng)度上鄉(xiāng)鎮(zhèn)事業(yè)單位相對(duì)大，縣級(jí)事業(yè)單位相對(duì)穩(wěn)定。

具體不同：

1、定義不同：、鄉(xiāng)鎮(zhèn)公務(wù)員就是在鄉(xiāng)鎮(zhèn)級(jí)政府部門工作的，行使國(guó)家行政權(quán)利、執(zhí)行國(guó)家公務(wù)的政務(wù)類公務(wù)員和業(yè)務(wù)類公務(wù)員；事業(yè)編制是指為國(guó)家創(chuàng)造或改善生產(chǎn)條件、增進(jìn)社會(huì)福利，滿足人民文化、教育、衛(wèi)生等需要，其經(jīng)費(fèi)一般由國(guó)家事業(yè)費(fèi)開支的單位所使用的人員編制；

2、崗位不相同：鄉(xiāng)鎮(zhèn)公務(wù)員：中國(guó)由縣管轄的基層行政單位執(zhí)行政務(wù)工作；事業(yè)單位三類崗位的結(jié)構(gòu)比例由政府人事行政部門和事業(yè)單位主管部門確定；

3、崗位聘用的方法不相同：鄉(xiāng)鎮(zhèn)公務(wù)員崗位需要參加地方的公務(wù)員考試，地方的公務(wù)員考試是指：地方各級(jí)黨政機(jī)關(guān)，社團(tuán)等為招錄機(jī)關(guān)工作人員和國(guó)家公務(wù)員而組織進(jìn)行的各級(jí)地方性考試。事業(yè)單位按照《試行辦法》和本實(shí)施意見、行業(yè)指導(dǎo)意見以及核準(zhǔn)的崗位設(shè)置方案，根據(jù)按需設(shè)崗、競(jìng)聘上崗、按崗聘用的原則，確定具體崗位，明確崗位等級(jí)，聘用工作人員，簽訂聘用合同。