二者的編制層級不同，鄉(xiāng)鎮(zhèn)事業(yè)單位不能使用縣區(qū)事業(yè)編制，縣區(qū)事業(yè)單位也不能使用鄉(xiāng)鎮(zhèn)事業(yè)編制，之間存在層級差異，不能調劑使用；在待遇方面鄉(xiāng)鎮(zhèn)事業(yè)單位相比縣級事業(yè)單位多了鄉(xiāng)鎮(zhèn)津貼；工作強度上鄉(xiāng)鎮(zhèn)事業(yè)單位相對大，縣級事業(yè)單位相對穩(wěn)定。

具體不同：

1、定義不同：、鄉(xiāng)鎮(zhèn)公務員就是在鄉(xiāng)鎮(zhèn)級政府部門工作的，行使國家行政權利、執(zhí)行國家公務的政務類公務員和業(yè)務類公務員；事業(yè)編制是指為國家創(chuàng)造或改善生產條件、增進社會福利，滿足人民文化、教育、衛(wèi)生等需要，其經費一般由國家事業(yè)費開支的單位所使用的人員編制；

2、崗位不相同：鄉(xiāng)鎮(zhèn)公務員：中國由縣管轄的基層行政單位執(zhí)行政務工作；事業(yè)單位三類崗位的結構比例由政府人事行政部門和事業(yè)單位主管部門確定；

3、崗位聘用的方法不相同：鄉(xiāng)鎮(zhèn)公務員崗位需要參加地方的公務員考試，地方的公務員考試是指：地方各級黨政機關，社團等為招錄機關工作人員和國家公務員而組織進行的各級地方性考試。事業(yè)單位按照《試行辦法》和本實施意見、行業(yè)指導意見以及核準的崗位設置方案，根據(jù)按需設崗、競聘上崗、按崗聘用的原則，確定具體崗位，明確崗位等級，聘用工作人員，簽訂聘用合同。